La OTCA actúa a través de Ejes Temáticos de Cooperación, que representan las principales áreas de acción conjunta entre los Países Miembros.
Cada eje constituye un ámbito estratégico orientado a fortalecer la integración regional, el uso sostenible de los recursos naturales y el bienestar de las poblaciones amazónicas.
Estos ejes están interconectados y reflejan una visión integral de la Amazonía —un territorio diverso y esencial para el equilibrio ambiental y el desarrollo sostenible.
A través de ellos, la OTCA promueve políticas regionales coordinadas, el intercambio de conocimientos, el fortalecimiento de las capacidades nacionales y la integración entre la ciencia, los pueblos y la naturaleza.